显微镜观察方式一般有以下这些 BF:明场，DF:暗场，PH:相差，PO：偏光，DIC：微分干涉，FL：荧光观察（蓝、绿、紫等），UVFL(紫外荧光观察)。而不同的物镜类型分别适用于其中的一些观察方式。

一般明场（生物显微镜）观察应用如：水中浮游生物检测观察显微镜（生物）淀粉、中药材粉末观察鉴定（部分客户会加偏光来观察，根据客户需求配备）、宠物医院、 植物叶绿体观察、纸浆纤维观察、动物精子（牛、马、羊猪等）活力观察。

暗场显微镜特别适用于观察原虫、细菌的鞭毛、伪足运动，医学检验学范围适用于观察人体体液中螺旋体、尿管形、结晶或各种粒子。在这一点上，暗场显微镜远比其他种类显微镜要优越得多。暗视野显微镜与偏光显微镜：一般显微镜的视野是明亮的，暗视野显微镜则使视野变成接近黑暗，以便突出标本在暗背景中的线条与颗粒。实际上，即便是明视野显微镜也可通过缩小虹彩光圈造成接近暗视野的效果。偏光显微镜则用来观察某些特殊的结构，例如生物液晶态。这两类显微镜在植物胚。
胎学中都很少应用。

相差显微镜 与干涉差显微镜：一般光镜观察要采用染色的标本，以增加细胞组织的反差。相差与干涉差显微镜利用特殊光学原理，可以使不染色标本提高反差，因而适宜观察生活的或经透明处理的材料。其中，发明较晚的干涉差显微镜克服了相差显微镜观察时在细胞周围出现晕环的缺点，又增强了材料的立体感，呈现浮雕般的视觉效果，现已取代了相差显微镜而广泛应用。