正置荧光显微镜和落射荧光显微镜是从显微镜工作方式上来区分的，倒置荧光跟正置荧光比较，倒置荧光显微镜的物镜在所观察物体底下，正置荧光显微镜的物镜在所观察物体的上面。倒置荧光显微镜一般是观察在培养皿中培养的活体细胞，正置荧光显微镜一般是观察可以放到载波片上看的物体。

主要用途： 物体构造的观察，荧光的有无、色调比较进行物质判别，发荧光量的测定对物质定性、定量分析

荧光显微镜按光源分：透射式与落射式

透射式：激发光来自被检物体的下方，聚光镜为暗视野聚光镜，使激发光不进入物镜，而使荧光进入物镜。它在低倍情况下明亮，而高倍则暗，在油浸和调中时，较难操作，尤以低倍的照明范围难于确定，但能得到很暗的视野背景。透射式不使用于非透明的被检物体。